مهم‌ترین مرحله تصمیم‌گیری برای ادامه‌ی تحصیل هر کس انتخاب رشته تحصیلی است. پایه‌های این انتخاب ابتدا در دوره دبیرستان با گرایش به یکی از رشته‌ها شکل می‌گیرد. ممکن است سخت‌ترین انتخاب برای بعضی انتخاب رشته دانشگاهی باشد؛ اما افراد زیادی هم هستند که از سالها پیش از آن، تصمیم گرفته‌اند در حوزه‌ی علمیه ادامه تحصیل بدهند. شرایط فرهنگی و تحصیلی محیط زندگی و خانواده فرد بر این تصمیم بسیارموثر است. ادامه تحصیل در حوزه‌ی علمیه برای کسی که در خانواده و محیطی دانشگاهی رشد کرده و تابه‌حال با فردی حوزوی ملاقات نداشته همان‌قدر دور از ذهن است که ادامه تحصیل در دانشگاه برای یک بزرگ شده در فضای حوزوی.
واقعیت این است که نمی‌توان هیچ‌کدام از این نهادها را برای ادامه تحصیلات کاملا مطلوب یا نامطلوب دانست؛ دلیلش هم فارغ‌التحصیلانی از حوزه و دانشگاه هستند که توانسته‌اند بر همه‌ی قشرها تاثیر‌گذار باشند. مثلا شهید مطهری که با وجود تحصیلات حوزوی، یکی از بهترین اساتید دانشگاه در زمان خود بودند و یا دکتر شریعتی- جامعه‌شناس و نویسنده- که در دوره‌ای برای زدودن بعضی افکار انحرافی از اذهان جوانان و مشتاق کردن آن‌ها به اسلام خدمات ارزنده‌ای داشته‌اند.
تصمیم بر سر دوراهی حوزه یا دانشگاه اولین انتخابی نیست که فرد در زندگی اش دارد. انتخاب نوع لباس، نحوه برخورد با اطرفیان، درجه اولویت خانواده، درس یا کار و بسیاری تصمیمات دیگر هستند که شخصیت او را می سازند. در واقع او از این انتخابهایش برای رسیدن به هدفی در زندگی استفاده می کند. شاید نتواند هیچ گاه این هدف را در قالب یک جمله بیان کند؛ اما اگر خوب به گفتار و رفتارش دقت کرده و بر اساس آن علایق واقعی اش را در زندگی شناسایی کرده باشد گزینش حوزه یا دانشگاه به آسانی انتخاب رنگ لباس است. در واقع بهترین مکان برای ادامه تحصیل هر کس جایی است که بتواند به او برای رسیدن به مقاصدش کمک بیشتری کند.
برای یک تصمیم خوب باید رشته و مکان تحصیل مورد علاقه را با هم در نظر گرفت.زیرا انتظاری که حوزه علمیه از طلبه ها و دانشگاه از دانشجویان دارد متفاوت است. البته روح حاکم بر هر دو طالب علم بودن و جست و جوی دانش است اما اگر به تاریخچه تشکیل حوزه و دانشگاه خوب بنگریم تمایز بیشتری خواهیم دید.هدف اصلی دروس حوزوی فهم معارف دین و تعمیق هرچه بیشتر در آیات و روایات است. مباحث حوزوی حول موضوع دین به عنوان یک اصل مسلم می باشند. در حالیکه دانشگاه محل تحصیل علوم تجربی است. شاید نظریه ای را که یک استاد دانشگاه در زمان تحصیلش به عنوان یافته علمی قابل قبول می خوانده امروزه باید اثبات خلاف آن را به عنوان سیری از تاریخ تشکیل علم به دانشجویانش تدریس کند. ازین رو تعریفی که دانشگاه از یک دانشجوی مطلوب می کند کسی است که سوال مطرح کند، پاسخ دهد و برای پیشرفت علم تلاش کند. حوزه علمیه طلبه ای را مورد پسند می داند که با غوطه ور شدن در آموزه های دین اسلام، حقانیت آن را بفهمد و بفهماند و برای شبهات مطرح شده در دین پاسخ های مناسبی بیابد.
حوزه و دانشگاه هر دو نهادهای ارزشمند و اثرگذاری هستند. مقام معظم رهبری در توصیه های خود مبنی بر جنبش نرم افزاری و تولید علم، هر دو قشر حوزوی و دانشگاهی را مورد خطاب قرار داده اند. حوزه و دانشگاهی پویا که هدفش تعالی دانش راستین در عرصه علم و عمل باشد برای بقای جامعه ما حیاتی هستند و این هدف نیازمند طلاب و دانشجویانی با انگیزه و سخت کوش است.