تفکیک جنسیتی در دانشگاه‌ها همواره از موارد موردبحث میان مسئولین و کارشناسان مذهبی و دانشگاهی و روشنفکران بوده است. عده‌ای تفکیک جنسیتی در دانشگاه‌ها را یکی از راه‌های اسلامی‌شدن آن می‌دانند و عده‌ای دیگر با استدلال عدم توانایی کنترل روابط دختر و پسر در خارج از دانشگاه و همچنین ارتباطات نوین امروزی، این طرح را شکست‌خورده می‌دانند و به نقد آن می‌پردازند.
در ادامه با بیان نکاتی، به این موضوع خواهیم پرداخت:
۱. اختلاط
از دیدگاه اسلامی تاکید بر آن است، تا جائی که امکان دارد از فضاهای مختلط در محل‌های کار و تحصیل پرهیز شود و افراد به صورت مجزا به فعالیت بپردازند؛ نه به گونه‌ای که فعالیت افراد منع شود. لذا با توجه به این دید اصل جداسازی مورد تایید است.
۲. تربیت
از سوی دیگر اگر امکانات و بسترها برای جداسازی فراهم نبود، باید رعایت پوشش، کنترل نگاه و رعایت حدود در روابط زنان و مردان برای جلوگیری از بروز مشکلات صورت گیرد و این امر از طریق رسانه‌ها، خانواده و تربیت اسلامی افرد در جامعه صورت می‌گیرد.
۳. بسترسازی امکاناتی و محیطی
آنچه که سبب برخورد و انتقاد جدی به بحث تفکیک جنسیتی می‌شود، فراهم آوردن امکانات و بسترسازی محیطی است. آیا واقعا در دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی، تعداد اساتید هیئت علمی، خوابگاه، آزمایشگاه و سایر امکانات آموزشی به حد قابل قبولی است که بتواند پاسخگوی نیاز دانشجویان باشد؟
پاسخ ممکن است در برخی دانشگاه‌های بزرگ مثبت باشد ولی قطعا در تعداد زیادی از دانشگاه‌های شهرها و شهرستان‌ها منفی است و در بسیاری از آن‌ها مشکلات آموزشی و صنفی جدی وجود دارد که شرایط را برای انجام این طرح بسیار دشوار می‌کند.
برای درک بهتر این موضوع، حضور در دانشگاه قم به‌عنوان یک دانشگاه تفکیک‌یافته جنسی که اخیرا هم به‌زعم تعدادی مسئولین، الگویی موفق بوده است مفید است. اگر با دانشجویان این دانشگاه صحبت شود اگر هم بر تفکیک صحه بگذارند، قطعا مشکلاتی که مخصوصا برای دختران وجود دارد به شما خواهند گفت که جالب است و نظر شما را تا حدودی تغییر خواهد داد.
برای نمونه در دانشگاه مذکور، امکان دسترسی به اساتید زمانی که در واحد خواهران حضور ندارند بسیار دشوار است و یا بالعکس و یا برای نمونه در بحث تعداد کامپیوترهای سایت دانشگاه و یا وضعیت خوابگاه‌ها و موارد بسیار دیگر، چندان باعث رضایت دانشجویان نمی‌باشد.
همچنین بحث دیگر فضا و محیط‌های خارج از دانشگاه است که واقعا تا چه حد اسلامی است که اگر فرد در داخل دانشگاه در روابط خود دچار مشکل نشد در بیرون هم سلامت وی حفظ شود؟ پاسخ این سوال نیز تا حدود زیادی روشن است و آن این است که در بیرون هیچ‌گونه هماهنگی و تلاشی برای جلوگیری از روابط بی‌حساب و غیرضروری نه تنها وجود ندارد، بلکه تشویق به روابط از طریق رسانه‌های مختلف وجود دارد که خود سبب از بین رفتن و یا کم اثر کردن آن عدم اختلاط می‌شود.
راهکار پیشنهادی
گرچه طرح تفکیک جنسیتی طرح خوب و مورد تایید است، اما شرایط کنونی کشور و دانشگاه‌های ما بستر لازم برای اجرای درست آن را ندارد. از نظر نگارنده بهتر است مسئولین همان‌طور بر روی طرح تفکیک دختران و پسران تاکید می‌کنند، به همان اندازه و با همان شدت هم به آماده کردن و ایجاد بسترهای امکاناتی اجرای طرح بپردازند. همچنین مسئولین در میان خود به هماهنگی لازم جهت سالم‌سازی محیط و رسانه‌ها نیز دست یابند.
و نکته پایانی اینکه اگر زمانی هم به جداسازی نرسیدیم، که با شرایط و امکانات فعلی این وضع محتمل‌تر است، بهتر است مسئولین به جای بحث‌های بی‌مورد، با همکاری مردم به بحث آموزش تربیت اسلامی به خانواده‌ها و سالم‌سازی فرهنگی جامعه بپردازند تا در صورت بروز اختلاط هم جامعه دچار مشکل جدی نگردد و روابط میان زنان و مردان و دختران و پسران با رعایت حریم‌ها و دور از برخوردهای نابه‌هنجار باشد.